南通市档案馆是隶属于中共南通市委、市政府的国家综合性档案馆，是南通地区永久保管重要档案的基地，是社会各界利用和研究档案史料的中心。至2017年底，馆藏档案资料1545822卷(册、件、盒、张)，其中档案882个全宗，纸质档案1145368卷、315772件、资料30854册，特殊载体档案53828张（盒、件）。这些档案、资料全面记载了南通地区社会发展的历程。馆藏档案，资料内容丰富，价值珍贵。馆藏中有明万历年间的《群书备考》卷四、(清)雍正九年的《潭渡黄氏族谱》、乾隆十一年的地契；有明、清时期编纂的反映南通政治、经济、风土人情等的历史资料；有辛亥革命以后的民国档案、资料；有中国共产党建立后的革命历史档案、资料；有中华人民共和国成立以后的南通地区(市)档案、资料；有清末状元、中国民族资产阶级的杰出代表张謇档案以及张謇创建的大生企业集团档案以及建国前后南通历史上的名人档案等等。馆藏资料由珍贵图书、期刊、报纸、图书等组成。
馆藏档案按内容结合历史时期分为以下几个部分：
民国档案（代字A）
张謇大生企业档案（代字B）
革命历史档案（代字C）
建国后南通地区档案（代字D）
建国后南通市档案（代字E）
人物档案（代字F）
明清档案（代字G）
史志谱牒档案（代字H）
字画档案（代字I）
按档案的门类分有：文书档案、科技档案、专门档案、声像档案、实物档案、光盘档案等。