南通地区档案主要有1949年至1983年中共南通地委、南通行署及其所属各部委办局等直属机构的档案。这部分档案南通县、如东县、如皋县、通如县、海安县、海门县、启东县以及1958年以前的崇明县。真实忘记载了南通地区社会主义革命、社会主义建设的历史足迹，是馆藏档案的一个组成部分，现有全宗116个，档案22801卷、15658件。是研究南通地区历史的重要资料，是编史修志的第一手资料。
具体内容包括：
机构的建撤、体改的规定、批复；党纪、党风教育；所辖干部的任免；
干部审查、人事监察工作、劳模和先进生产者的评定；
宣传党的路线、方针、政策的指示；统战工作、镇反、土改、抗美援朝；
社会治安、打击刑事、经济犯罪的指示、决定；
军事、民兵建设、预备役、征兵工作的指示、意见；
工业、交通、邮电、财政金融等工作的决定、总结；
农村工作的专题调查、会议材料； 农副业生产、水利、分配、承包责任制、经营管理的指示、决定；
建立居委会、增划大队、追认革命烈士、 劳教复查的批复；
科技、文化、教育、卫生、广播、 电影等的指示、意见、决定；
党史、档案、秘书、保密、 机要、共青团、妇女、科协等工作的指示、决定、意见。